De acuerdo con la investigación, Duarte fue asesinado cuando acudió a un camino vecinal tras ser citado por una persona que se presentó como un posible cliente para tratar un asunto profesional. En el lugar habría sido atacado con disparos de arma de fuego y falleció en el sitio. Tras el hecho, los autores se llevaron su teléfono celular y huyeron en una camioneta Toyota Hilux.

Durante la investigación, Roberto Rojas fue vinculado al caso por ser el propietario de una camioneta Toyota Hilux con matrícula BSD 909, vehículo que, según los investigadores, habría sido utilizado por los responsables del crimen y visto abandonando la zona poco después del homicidio.

Las pesquisas también señalan que el rodado era conducido por Francisco Alejandro Aguirre Segovia, cuñado de Gustavo Diosnel Rojas Verón, identificado por la Fiscalía como presunto autor material e intelectual del crimen.

Rojas Verón permaneció prófugo durante aproximadamente dos años antes de ponerse a disposición de la Justicia. Posteriormente obtuvo el beneficio de la prisión domiciliaria.

El fiscal Enrique Fornerón informó que, junto con la fiscal Rocío Valdez, solicitó la absolución de Roberto Rojas al considerar que las pruebas reunidas durante el proceso no fueron suficientes para demostrar su participación en el hecho.

Según explicó, la insuficiencia de elementos probatorios generó una duda razonable, motivo por el cual el Tribunal hizo lugar al pedido del Ministerio Público y dictó la absolución.

Tras conocerse la sentencia, familiares de Cristóbal Duarte manifestaron su desacuerdo con la resolución judicial y sostuvieron que aún existen aspectos del caso que deben ser esclarecidos.

Rodolfo Duarte, hermano de la víctima, expresó a medios de Encarnación que la familia esperaba un resultado diferente y reiteró su pedido de que la investigación continúe hasta determinar la responsabilidad de todas las personas involucradas.